La Cour Administrative d'Appel de Lyon a jugé (le 6 avril 2006) que la seule motivation pouvant être invoquée au soutien d'un refus de prorogation d'un permis de construire est l'évolution défavorable des règles d'urbanisme et des servitudes administratives de tous ordres :

"Considérant, en quatrième lieu, qu'aux termes de l'article R. 421-32 du code de l'urbanisme : « Le permis de construire est périmé si les constructions ne sont pas entreprises dans le délai de deux ans à compter de la notification visée à l'article R. 421-34 ou de la délivrance tacite du permis de construire. (...) Il peut être prorogé pour une nouvelle année, sur demande de son bénéficiaire adressée à l'autorité administrative deux mois au moins avant l'expiration du délai de validité, si les prescriptions d'urbanisme et les servitudes administratives de tous ordres auxquelles est soumis le projet n'ont pas évolué de façon défavorable à son égard ( ) » ; qu'il ressort de ces dispositions que l'autorité administrative, saisie d'une demande de prorogation d'un permis de construire par une personne ayant qualité pour présenter une telle demande, ne peut refuser d'y faire droit que si les règles d'urbanisme et les servitudes administratives de tous ordres s'imposant au projet ont été modifiées, postérieurement à la délivrance du permis de construire, dans un sens qui lui est défavorable ; qu'il suit de là que les moyens tirés de ce que le permis initial avait été délivré en méconnaissance des dispositions des articles R. 421-2 et R. 111-4 du code de l'urbanisme et UB 3 du règlement du plan d'occupation des sols de Sens, en vigueur à la date de cette délivrance, sont inopérants à l'appui d'une demande tendant à l'annulation d'une décision prorogeant la validité d'un permis de construire ".

Par une décision rendue le 27 juillet 2006, le conseil d'État décide que si un permis a fait l'objet d'une suspension, en référé, mais qu'il a été suivi par un permis modificatif dont l'objet apparent a été de régulariser le vice contenu dans le premier permis, il appartient au juge des référés saisi d'une demande d'injonction au maire de faire dresser procès-verbal du défaut de respect de l'ordonnance ayant suspendu le premier permis de rechercher si le permis modificatif a eu pour effet de régulariser le permis initial : " Considérant que lorsque le juge des référés a suspendu l'exécution d'un permis de construire sur le fondement de l'article L. 521-1 du code de justice administrative, l'administration peut légalement prendre un arrêté modifiant ce permis afin de remédier aux vices retenus par le juge des référés pour en suspendre l'exécution ; que si le juge des référés est alors saisi, sur le fondement de l'article L. 521-3 précité, de conclusions lui demandant d'enjoindre à l'autorité compétente de prendre les mesures prévues aux articles L. 480-1 et L. 480-2 du code de l'urbanisme pour interrompre les travaux effectués après la délivrance du permis modificatif, il lui appartient, afin d'apprécier l'utilité des mesures sollicitées, de prendre en compte la mesure dans laquelle le permis modificatif a remédié aux vices retenus par l'ordonnance de suspension à l'encontre du permis initial ".

(Conseil d'État 27 juillet 2006)